Нет. Однако, если опция "Integration with Windows Explorer" установленна во время установки, некоторые файлы могут быть просканированны из Windows Explorer, просто  правой кнопкой кликнуть на файле и выбрать "Сканировать на вирусы с помощью ClamWin"

Эта функция будет реализованна в следующих версиях ClamWin, работа над реализацией уже ведётся.